La chiesa fu costruita tra il XIII e XIV secolo da maestranze abruzzesi e dedicata quindi a Sant'Agostino, vescovo di Ippona. Nel 1363 fu ricostruita e dedicata ai santi Giacomo Maggiore e Caterina d'Alessandria, anche se nel XVII secolo è documentata la sola intitolazione a Santa Caterina. Durante la ricostruzione trecentesca fu costruito, dove si trovavano le logge del Giudice Civile, il convento degli Agostiniani Calzati. Tra il '400 e il '600 la chiesa si arricchì di pregevoli opere d'arte: una ristrutturazione, avvenuta nel XV secolo, portò a dare alla chiesa un certo aspetto rinascimentale; durante il Rinascimento si dotò del cornicione, del portale, del campanile e di alcuni affreschi, mentre nel periodo barocco furono eretti i 4 altari, più aggiunte alcune argenterie negli armadi di sagrestia. Fu proprio durante i lavori seicenteschi che vennero abbattute le navate laterali, riducendo la chiesa ad una sola aula e determinando l'apertura, sulla sinistra, dell'attuale Via Sant'Agostino. Il convento degli Agostiniani fu soppresso nel 1809 e subito dopo sorse, per la cura della chiesa, la Confraternita dei Cinturati, che a metà Ottocento riportò il luogo di culto all'intitolazione originaria.

 

Dal 1954 al 1964, essendo il Duomo di Atri chiuso per restauri, le funzioni parrocchiali furono assegnate a questa chiesa che divenne così molto cara agli atriani. Anche dopo che il Duomo riaprì, questa chiesa rimase tra le più frequentate dai fedeli, ma negli anni settanta fu sconsacrata per volere del Vescovo: l'ultima messa che vi si celebrò fu nel 1969, durante un matrimonio. Viste le sue condizioni non certo ottime, negli anni ottanta fu restaurata completamente e i battenti lignei del portone, ormai usurati, e sostituiti con altri uguali anch'essi lignei. Dopo questo restauro, la chiesa divenne un Auditorium, luogo per mostre, convegni e presentazioni. Dopo questo restauro, per meglio adeguare la chiesa a queste funzioni, furono tolte tutte le statue dagli altari e le argenterie dalla sagrestia, esponendole nel Museo Capitolare di Atri. Altri due restauri, uno nel 1994, l'altro nel 2004, sono stati effettuati rispettivamente per ripulire dallo sporco l'affresco di Andrea De Litio all'interno e del portale all'esterno. Il recente terremoto dell'Aquila del 2009 non ha provocato nessun danno.

 

Per quanto riguarda l'edificio conventuale, basso e caratterizzato da un portico (come testimonia una rara e antica foto), fu abbattuto nel 1882 per lasciare posto al cosiddetto Palazzo Illuminati, che ospitò inizialmente il Municipio e il carcere, poi dal 1917 il Liceo Classico Luigi Illuminati; dal 2002 vi trova sede una sezione distaccata del Tribunale di Teramo. A ricordo dell'antico edificio, Palazzo Illuminati fu costruito anch'esso porticato.

 

La facciata è tutta in laterizio e leggermente arretrata rispetto al Corso; è addossata al fianco sinistro del Tribunale (Palazzo Illuminati). Nella parte alta si trova il cornicione rinascimentale, formato da tante nicchiette a forma di conchiglia. Più in basso, nella parte centrale, si trova un finestrone aperto molto probabilmente nel XVIII secolo, ma poi chiuso: si notano ancora i contorni. Quindi, raggiungibile tramite due scalini, vi è lo splendido portale tardo gotico, di Matteo da Napoli.

 

Nel 1420, su commissione del duca di Atri (Pier Bonifacio Acquaviva) o del Vescovo (Delfino Nanni Gozzadini), Matteo Capro detto Matteo da Napoli fu incaricato di eseguire il portone principale della chiesa di Sant'Agostino. Di Matteo si sa poco: scultore, era originario della zona di Napoli (secondo alcuni di Capri), e poco prima del 1410 partì dalla Campania per percorrere a ritroso il Regno fino ad Amatrice. Ad Atri si trovò quindi di passaggio, e all'epoca doveva essere uno dei principali scultori napoletani per aver ricevuto subito una commissione così importante. Il portale, di squisita fattura tardo gotica con influssi dell'arte spagnola (viene considerato la maggiore espressione della scultura tardo gotica in Abruzzo), ha un arco cigliato dalla forma abbastanza curiosa (decorato con motivi vegetali), con una terminazione a punta e in cima l'Eterno Padre benedicente.

 

Sotto questa scultura, la figura di Sant'Agostino seduto con in mano un cartiglio, quindi un arco cigliato con le figure di alcuni monaci agostiniani; quindi più in basso un archivolto con scolpite al centro un Cristo in pietà e ai lati i dodici Apostoli e i simboli degli Evangelisti. Al centro la lunetta e sotto una striscia in pietra con scolpite ai lati le figure dell'Annunziata e dell'angelo nunziante. Ai lati dei battenti, 6 colonne (3 per lato) con i capitelli fastosamente decorati con volti umani sorridenti; da notare, nel capitello della prima colonna destra, la presenza un po' nascosta di una lumaca, particolare scultoreo che fu inserito da Matteo a ricordo del soprannome affibbiatogli dagli atriani: ciammaica, che nel dialetto locale vuol dire appunto 'lumaca', perché lo scultore era lento nei lavori e nel contempo faceva la spola tra Atri, Cellino Attanasio e Isola del Gran Sasso per le varie commissioni, e ciò ritardava appunto l'ultimazione. In cima ai capitelli delle prime due colonne si trovano due sculture raffiguranti Santa Caterina d'Alessandria e un santo monaco agostiniano.